Hur tolererar celler kromosomala obalanser

Så mycket som 90% av alla cancertumörer har någon form av kromosomrubbning, såsom ökning eller förlust av en hel kromosom eller kromosomsegment. Trots att kromosomrubbningar har en känd koppling till cancer, vet vi fortfarande väldigt lite om hur dessa förändringar bidrar till cancerutveckling. En viktig del kan vara hur cellerna tolererar kromosomala obalanser då graden obalans är tydligt kopplat till sjukdomsutveckling och en sämre prognos i cancer. Vår forskningsgrupp har nu upptäckt att många av dessa obalanser på DNA-nivå kan kompenseras till olika grad när gener uttrycks som RNA från den friska kromosomen. Detta innebär att arvsmassan som ärvts från den ena föräldern under vissa förutsättningar kan kompensera för fel som uppstår i den andra förälderns arvsmassa. Förståelsen av detta kan därför leda till ökad kunskap om hur mutationer påverkar cancer. Vi kommer i detta projekt laborativt skapa en stor mängd olika kromosomrubbningar i celler där arvsmassan är helt kartlagd och vi vet exakt vilka genvarianter som ärvts av respektive förälder. För att förstå hur individuella kromosomrubbningar tolereras på cellnivå kommer vi mäta uttrycket av RNA samt kartlägga de skapade kromosomrubbningarna i DNA, på enskild-cell-nivå (s.k. single-cell-sekvensering). Dessa data kommer i sin tur kopplas till kliniskt kända mutationer genom storskalig dataanalys av enorma databaser med cancerpatienter i syfte att identifiera specifika kromosomsegment och mönster som driver cancerutveckling.