Studier av genomets organisationsprinciper

I utsträckt form är vårt DNA cirka två meter långt, men i kroppen får det plats i en cellkärna som har en diameter på bara ett fåtal mikrometer. Därmed krävs hård packning och välorganiserad uppackning av relevanta gener vid rätt tillfälle för att cellens ska växa och fungera. Hur genomet är organiserat och var olika gener och kromosomer befinner sig ger ledtrådar om hur gener regleras samt hur och när olika gener uttrycks. Det är sedan tidigare känt att aktiva kromosomer har en preferens för den centrala delen av cellkärnan och att de mindre aktiva kromosomer håller sig till utkanterna. Målsättningen med projektet är inte bara att se var kromosomer befinner sig utan också att studera hur de samverkar med varandra. Även kromosomernas interna struktur kommer studeras för att förstå hur de är packade i cellkärnan. DNA är för litet för att kunna ses direkt med ljusmikroskop. I projektet kommer vi därför hitta genernas position i tre dimensioner genom att märka dem med fluorescerande markörer som sedan avbildas med fluorescensmikroskopi. Metoden kallas för High Definition In Situ Hybridization (HD-FISH). De här mätningarna kommer sedan användas för att jämföra genetiska avstånd med fysiska (geometriska) avstånd och kan utgöra basen för matematiska och molekylära modeller för hur generna och kromosomerna är sammanpackade i cellkärnan.