Identifiering av faktorer som kopplar transkription till genomorganisation i hälsa och sjukdom

Processen där RNA skapas utifrån DNA kallas transkription, och den inbegriper en stor mängd olika proteiner som är nödvändiga för att transkriptionen ska genomföras korrekt. DNA-molekylen är ganska flexibel och kan under transkriptionen böjas och formas till särskilda konfigurationer, vilket underlättar överbryggning av delar som normalt sett är långt borta från varandra.

I det här projektet planerar jag att ta reda på hur en viss grupp av proteiner, som binder till både DNA och RNA, kan reglera transkription och organisera den tredimensionella genomstrukturen i cellkärnan. Dessa proteiner är speciella på så sätt att de innehåller flexibla och vidhäftande delar som gör att de kan kopplas ihop med andra proteiner och ge upphov till en slags droppar eller mikromiljöer som är åtskilda från den omgivande vätskelika miljön i cellerna; beteendet hos dessa droppar liknar det som olja har i vatten. Ibland kan mutationer i dessa proteiner resultera i större och fasta massor, så kallade aggregat, bildas. Uppkomsten av dessa strukturer associeras vanligtvis med neurodegenerativa sjukdomar, såsom amyotrofisk lateralskleros (ALS) och frontallobsdegeneration som inte är av Alzheimertyp.

För att bättre förstå dessa proteiners koppling till neurodegenerativa sjukdomar planerar jag att i detalj utforska hur de reglerar transkription och organiserar den tredimensionella genomstrukturen.